Александр Невский был погребён в монастыре Рождества Богородицы во Владимире и до середины XVI века Рождественский монастырь считался первыммонастырём на Руси, «архимандритьей великой». В 1380 году во Владимире открыты его мощи. Согласно спискам Никоновской и Воскресенской летописей XVI века, во время пожара во Владимире 23 мая 1491 года «тело князя великого Александра Невского згоре». В списках тех же летописей XVII века рассказ о пожаре полностью переписан и упомянуто, что мощи были чудесным образом сохранены от пожара.

Вывезенные из Владимира 11 августа 1723 г., святые мощи были привезены в Шлиссельбург 20 сентября и оставались там до 1724 г., когда 30 августа были установлены в Александро-Невской церкви Александро-Невского Свято-Троицкого монастыря по повелению Петра Великого. При освящении в монастыре в 1790 году Троицкого собора мощи положены в нем, в серебряной раке, пожертвованной императрицей Елизаветой Петровной. В мае 1922 года мощи были вскрыты и вскоре изъяты. Изъятая рака передана в Эрмитаж, где находится и ныне. Мощи святого возвращены в лаврский Троицкий собор из запасников музея религии и атеизма, раполагавшегося в Казанском соборе, в 1989 году.

В 2007 году по благословению патриарха Московского и всея Руси Алексия II мощи святого в течение месяца перевозили по городам России и Латвии.

Частичка мощей святого благоверного князя Александра Невского находится в Храме Александра Невского в городе София, Болгария. Также часть мощей (мизинец) Александра Невского находится в Успенском соборе города Владимира. Мощи были переданы указом Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в октябре 1998 года в в канун празднования 50-летия открытия подворья Болгарской Православной Церкви в Москве.