Святитель Алексий достиг глубокой старости, 78 лет, пробыв на кафедре митрополичьей 24 года. В продолжение служения посвящено им было более 20 архипастырей Русской Церкви.

Драгоценным памятником пастырского учения его служат Евангелие, окружное послание к пастве и послание к христианам Нижегородской области. Евангелие святого Алексия, писанное собственной рукой его, хранится в Чудовом монастыре. Оно писано тогда, как святитель был в Константинополе, и, следовательно, тогда, как мог он иметь в руках лучшие списки греческого Евангелия. В окружном поучении святитель, сказав о своей обязанности учить паству и о расположении, с какими паства должна принимать наставления. Всем говорит: «Приходите к иерею, отцу духовному, с покаянием и слезами; отвергните все дела злые и не возвращайтесь к ним. Истинное покаяние в том и состоит, чтобы возненавидеть свои прежние грехи. Оставив все дела свои, без лености собирайся на церковную молитву. Не говорите: отпоем себе дома. Как храмина без огня от одного дыма не может нагреться, так и эта молитва без церковной. Церковь именуется земным небом. В ней закалается Агнец, Сын и Слово Божие, для очищения грехов всего мира; в ней проповедуется Евангелие Царства Божия и писания святых апостолов; в ней престол славы Божией, невидимо осеняемый Херувимами; в ней руками священническими приемлются Тело и Кровь Божественные и преподаются верным во спасение и очищение души и тела. Итак, входя в церковь, вострепещи душою и телом: не в простую храмину входишь. Не дерзайте, дети, прогневлять Бога своими разговорами в церкви. Имейте знамение Христово в душах ваших. Знак же для овец стада Божия есть приобщение Тела и Крови Христовой. Вы, дети, как овцы словесного стада, не пропускайте ни одного поста, не возобновив на себе сего знамения, причащайтесь Тела и Крови Христовой».

В послании к Нижегородской пастве научает паству страху Божию. Пастырям говорит: «Не убойтесь лица сильных, запрещайте им обижать меньших. Пусть будет между христианами мир, любовь и правда, не на словах только и на языке, но в сердце чистом и душе прямой. Пишу это не для одних игуменов и иереев, но и для князей и бояр, для мужей и жен, и для всех православных христиан. Имейте, дети, попечение, покорность и послушание к духовным отцам вашим, так как они учат вас полезному и спасительному для души». Святой Церковью святитель прославляется как «питатель вдов, и сирот отец, помощник сущим в скорби всеизряден, плачущим утешение, пастырь и наставник всем заблуждающим», «церковная красото», «великий чудотворец», «светило всея российския митрополии», «златозарная российская звезда».

Святитель Божий окончил земное течение свое 12 февраля 1378 года. Он завещал положить тело его в Чудовом монастыре, указал и место погребения «за алтарем храма» своего, не желая, по смирению, быть похороненным в храме. Но благочестивый великий князь Димитрий Иоаннович Донской (1363—1389), глубоко почитавший великого святителя, повелел положить тело митрополита Алексия в церкви, близ алтаря. Целебные мощи его открылись спустя 50 лет после его кончины.

Так как первый храм, построенный в Чудовом монастыре самим святителем Алексием во имя святого Архистратига Михаила, в память бывшего чуда его в Хонех, был деревянный, то случилось, что крыша его, пришедшая от долгого времени в ветхость, обрушилась во время совершения Божественной литургии, причем по устроению Божию все бывшие в это время в храме остались невредимыми. Тогда великий князь московский Василий Васильевич Темный (1425—1462) повелел построить каменный храм. И когда внутри прежнего деревянного храма стали копать рвы для фундамента нового храма, то нашли мощи великого святителя Алексия неповрежденными и даже одежды на нем неистлевшими. Это было 20 мая 1431 года. С того времени стали чтить память святителя. В новом храме, освященном, как и прежний, во имя Архистратига Божия Михаила, был устроен придел в честь Благовещения Пресвятой Богородицы, в котором и положили многоцелебные мощи святителя Алексия.

В 1484 году при настоятеле Чудова монастыря архимандрите Геннадии (с 12 декабря 1484 года — архиепископ Новгородский; память 4/17 декабря) в обители началось строительство новой трапезной с храмом во имя святителя Алексия. В 1485 году святые мощи его были перенесены в новый трапезный храм и поставлены у южной стены, где и хранились два столетия. 12 февраля 1535 года, в день памяти святителя, мощи его были переложены в новую серебряную гробницу.

20 мая 1686 года при патриархе всея России Иоакиме († 1690) мощи святителя торжественно перенесли из обветшавшего к тому времени трапезного храма в арку между новоустроенными храмом в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и храмом во имя святителя Алексия, где почивали открыто. Ныне святые мощи покоятся в Богоявленском патриаршем соборе в Москве.

Со времени открытия мощей исцеления и чудеса разного рода обильным потоком текут от святителя Божия.

Память святителя Алексия Русская Церковь торжественно празднует 12/25 февраля — в день кончины, и 20 мая/2 июня — в день обретения и перенесения святых его мощей. Сохранилось в «Иконописном подлиннике» и описание иконы обретения мощей святителя.