Святитель Алексий происходил из боярского рода Черниговского княжества и назывался в мире Елевферием. Он родился в 1300 году (по другим данным — в 1292, 1293, 1304 году) и с малых лет отдан был учиться грамоте. «Бог прежде избра от юности пастыря овцам и учителя велика» и рано открыл будущему святителю его высокое предназначение. На двенадцатом году жизни Елевферий раскинул сети для ловли птиц, незаметно для самого себя задремал и вдруг явственно услышал голос: «Алексий! Что напрасно трудишься? Ты будешь ловить людей». С этих пор отрок стал задумчив, молчалив, оставил детские игры и охотнее начал читать Божественные книги. Наклонность к душеспасительному чтению и молитве росла в нем с каждым годом, и скоро самым пламенным желанием его стало вступить в монастырь, чтобы совершенно посвятить себя Богу.

И в 1320 году вступил в Богоявленский монастырь в Москве и тогда же пострижен был с именем Алексий — на 20-м году. Двадцать лет пробыл Алексий в Богоявленском монастыре, изнуряя себя постом и бдением, молитвами и слезами, изучая Святое Писание, совершенствуясь и возвышаясь в духовной жизни. Наставником и руководителем его был старец Геронтий, опытный в духовной жизни. Стефан, брат преподобного Сергия, поступивший в обитель Богоявленскую, с 1337 года был духовным братом его: они вместе певали на клиросе и духовно любили друг друга. Митрополит Феогност любил Стефана, Геронтия и Алексия и по временам призывал их к себе для духовных бесед. Впоследствии митрополит поставил Стефана в игумена обители, а Алексия, оценив его добродетели и высокие дарования, приблизил к себе, поручив ему управление судебными делами Церкви. При таком отношении к святителю-греку у Алексия появилась необходимость знать греческий язык, разговорный и письменный. При занятиях судебными делами он коротко узнал людей и их слабости и приобрел обширные и точные сведения о церковных законах. Двенадцать лет отправлял он судейскую должность, с званием наместника митрополичьего.

В конце 1352 (1350) года владыка Феогност посвятил Алексия в епископа Владимирского. Митрополит и великий князь Иоанн Иоаннович положили, на общем совещании, быть блаженному Алексию преемником Феогноста на митрополичьей кафедре. Об этом избрании тогда же написано было в Константинополь с просьбой «не поставлять никого другого в митрополита России, как преподобного Алексия, который много лет был наместником и жизни весьма добродетельной».